《南京中医药大学学报》（双月刊）创刊于1959年创刊，是由南京中医药大学主办的全国有影响的综合性中医药学术刊物。 《南京中医药大学学报》设有学术探讨、临床研究、方药研究、针灸推拿、医史文献临床报道、经验交流等专栏。 《南京中医药大学学报》是国际标准连续出版物，被北大2008版核心期刊收录。
《南京中医药大学学报》（社会科学版）（季刊）创刊于1999年，本刊是经国家新闻出版署批准、由江苏省教育厅主管、南京中医药大学主办的学术性季刊，国内外公开发行，国际标准大16开本，每期64页，逢季中月18日出版。 《南京中医药大学学报》（社会科学版）刊登中医文化、哲学、经济、中医学史、中医文献、医学心理、医学伦理、中医海内外教育等方面的学术论文。读者对象为高等中医药院校、科研单位的教学、科研人员，以及广大传统文化、中医药学的爱好者。